L’accesso a questa cripta più antica,di cui si intravvede l’ingresso per la presenza di alcuni gradini in pietra addossati al muro sud, doveva essere laterale rispetto alla disposizione verso oriente della sovrastante basilichetta.
In tale cripta si trova un pozzo quadrato della profondità di circa 1,80m. in pietrame rustico senza rivestimento con dell’acqua che serviva per i servizi igienici dell’epoca, nel cui fondo sabbioso, il livello dell’acqua, proveniente direttamente dal mare, ancor oggi muta in concomitanza dell’alta e bassa marea.
Inoltre vi è la presenza di “colatoi”, fori attraverso cui avveniva lo scolo dei liquidi dei cadaveri prima che fossero sistemati orizzontalmente uno ammassato all’altro.
Nelle cripte vi sono seppellite tutte quelle personalità che hanno lottato per l’autonomia del Comune marinaro.
Solo lo strato più alto di piastrelle in terracotta continuava verso sud, interessando tutta la superficie calpestabile della chiesa del ‘700, di cui si rilevava la tinteggiatura delle pareti in tonalità rossastra con zoccolatura in pietra bianca. Al di sotto di questa tipica pavimentazione settecentesca, si appurava l’esistenza di altra cripta, certamente coeva alla sovrastante chiesa. La volta, la cui costruzione a botte in mattoni poco spessi richiama una tecnica molto usata in Sicilia nel corso del Settecento, era stata attaccata ai due muri perimetrali più lunghi della chiesa, al livello delle fondamenta.
Due botole in pietra lavica di forma quadrata permettevano l’accesso verticale alla cripta.
La ricognizione all’interno delle due cripte, dove si accumulavano in maniera impressionante scheletri umani di antiche famiglie ripostesi, confermava quanto trovasi annotato nei citati “Registri” in merito all’uso delle cripte medesime.
Al riguardo è da tener presente che la sepoltura in cripta, a partire dall’epoca normanna costituì sempre un diritto riservato ai ceti nobiliari ed ecclesiastici.

A conferma della consuetudine vigente in epoca normanna, sono state rinvenute all’esterno del recinto sacro tracce di ossa che stanno a dimostrare come, secondo quel rito, si seppellissero fuori le chiese gli uomini comuni.
Dai documenti di archivio si deduce che le due cripte offrirono sepoltura fino alla fine dell’800, malgrado la legge che imponeva ai Comuni l’obbligo di costruire cimiteri esistesse dall’11 dicembre 1817.
A Riposto, il cimitero venne costruito nell’anno 1870, ma anche dopo larealizzazione di quest’opera pubblica, ci fu ancora chi volle essere seppellito entro le mura della chiesa.
Continuando con l’esplorazione del sottosuolo si arrivò ad inquadrare un altro modesto complesso architettonico che veniva a fiancheggiare nel lato ovest l’edificio principale, e che risultava essere costitui to da due grandi vani sotterranei con copertura a botte, successivamente smantellati,adibiti a sepolcreti comuni, ove trovava sistemazione anche un manufatto tombale rusticamente lavorato e coperto da lastroni in pietra lavica, addossato alla parete ovest. Vi erano stati tumulati,sollevando di volta in volta uno o più lastroni, i resti mortali di quattro persone